Jason Bourne (Matt Damon) es un exagente de élite entrenado por la CIA como parte del proyecto Treadstone, un programa ultra secreto diseñado para convertir a individuos en asesinos perfectos mediante el lavado de cerebro, el condicionamiento extremo y la supresión de su identidad. Después de una fallida operación en la que se niega a ejecutar a un objetivo frente a su familia, Bourne es herido y dado por muerto. Rescatado del mar sin memoria y con el cuerpo lleno de cicatrices, comienza una intensa búsqueda por su identidad y la verdad detrás de lo que le hicieron. En su camino, descubre habilidades especiales que lo convierten en un hombre letal, pero también en alguien profundamente atormentado por lo que fue obligado a ser.

Mientras viaja por Europa, escapa de múltiples intentos de asesinato y es perseguido por sus antiguos jefes en la CIA, que quieren eliminarlo para enterrar el rastro de Treadstone. A medida que desmantela las capas de su pasado, descubre que no es el único peón en este juego: hay otros programas secretos como Blackbriar y más tarde Ironhand, todos evolucionaciones de Treadstone, creados para controlar y eliminar sin rendir cuentas.

A lo largo de su viaje, Bourne lucha contra su propia culpa, su deseo de justicia y su necesidad de saber quién era antes de convertirse en un arma humana. Sus esfuerzos por exponer la verdad lo llevan a enfrentarse con altos mandos corruptos del gobierno y a descubrir que incluso su padre estuvo involucrado en la creación del programa que lo destruyó.

Finalmente, ya completamente consciente de su identidad y del papel que jugó su familia en su transformación, Bourne emerge del anonimato una vez más, no solo para buscar justicia, sino para enfrentarse cara a cara con el sistema que lo creó. Aunque sigue siendo un fugitivo, ahora tiene claridad: ya no es una herramienta, ni una sombra… es un hombre con libre albedrío, y no piensa dejarse manipular nunca más.